とりあえず中盤は超えたっぽい？

ちょっとばかりネタばれの内容を書きつつなので、隠しながら書きますよ。
まずは主人公関連。と言うかオリジナル関連に関して言えば、これはこの世界観じゃないと厳しいなぁという印象がある。
現時点で前の話で指揮艦であったリチャードが死んだ――主人公が介錯をしたので、まずは落ち着いたのだろう。
と言うか主人公機、ライオットＢだったのってほんの少ししかないんだね。
リチャードが空間転移を使いすぎたおかげでオルフェスに乗れなくなってから、代わりにオルフェスに乗っているし。
で、ヒロインであるサヤの正体も判明しました。
彼女は凄い簡単に言うと、意思が人格を持ったもの。だそうです。
敵側のヒロインも同じ存在がいるようだが。
オリジナルの敵側はまだ具体的な組織名はないが、そこにはライオットシリーズを開発して、何か200年前やかなり未来の世界でも平然と今の姿のままでいられる博士が娘と称して連れています。
この博士がどう考えても黒幕だろう？　第1話から下手すればラスボスが出ていた事になるのか？
ちなみに親友だったジンは色々とあって敵側になってます。

で、版権作品に関して判明した事を幾つか書くとしたら。

３１話終了時点で。
種死：原作通り終わっていて、レイ達も死亡済。主にファフナーの面子と絡む
ダンクーガ：原作が終わってチームＤは記憶を消去されて元の生活に、エイーダはUXに所属していたが、記憶を自力で取り戻してUX入り
三国伝：プロローグで赤壁の戦いの最中に飛ばされ、現在は呂布以外UXに所属。呂布は加藤機関に所属
ダンバイン：プロローグでバーンとの最後の戦い時に飛ばされるが、マーベルやショットが死んだはずなのに生きている謎の現象が起きていた。今はリーンの翼と並行世界のバイストン・ウェルのメンバーと絡む。尚、前の話でバーンは死亡済。
デモベ：エンネアが死亡した直後で、これからＣ計画が始まる。
ファフナー：甲洋を助ける為に皆で彼を説得していた。劇場版のメンバーはまだパイロット候補生として登場はしているけどパイロットにはなってない。
ラインバレル：かなり原作の順番が前後している。序盤でキリヤマの話を終えたと思ったら、フィリピンの縞が消滅したり宇宙で核ミサイルやレーザー照準の話を一気にやったと思いきや、ちょっと前に美海が仲間になったり。矢島は仲間になってない。ちなみに0巻のネタもやってた。
リーンの翼：鈴木君とサコミズの共鳴により地上に全員やって来た。リュクスが全パイロットの中で初めて祝福を覚えたのがレベル約35くらい。
飛影：ジョウが飛影に乗れた。グラサンは死んだ。ハザードは逮捕されたけど惨たらしく死なないかなぁ。
00：ラファエルガンダムが仲間になったけど、まだ沙慈を病院から救出してない。下手すればしない？
マジンカイザー：アイアンカイザーを倒したので、原作は終了した。(重力炉を暴走させようとしたので、上述のリチャードは死んだのだが)
HEROMAN：スクラッグは壊滅したが、ウィル達はどこかへ行き、まだミナミ博士は出てきていない。
マクロス：別ルートで島根でイベントを行っていた。
初音ミク：マジンカイザーとかなり設定から絡んでいた。

オリジナル：幾つかマジンカイザーの設定を借りていたりしている。

こんな感じか。