結論

出来た。

常時プロローグじゃあ一話目でいきなりエラー吐かれるので、しかたなく毎回通常イベントラベルとして作る。

以下、ソース。

サポート設定:

If Not サポート Then
Global サポート
EndIf

Switch Pilot(UnitID(紫雲統夜),2)
Case "カティア＝グリニャール"
Set サポート[紫雲統夜] カティア＝グリニャール
Case "フェステニア＝ミューズ"
Set サポート[紫雲統夜] フェステニア＝ミューズ
Case "メルア＝メルナ＝メイア"
Set サポート[紫雲統夜] メルア＝メルナ＝メイア
EndSw

Switch Pilot(UnitID(カルヴィナ＝クーランジュ),2)
Case "カティア＝グリニャール"
Set サポート[カルヴィナ＝クーランジュ] カティア＝グリニャール
Case "フェステニア＝ミューズ"
Set サポート[カルヴィナ＝クーランジュ] フェステニア＝ミューズ
Case "メルア＝メルナ＝メイア"
Set サポート[カルヴィナ＝クーランジュ] メルア＝メルナ＝メイア
EndSw

Exit

戦闘アニメ_夜を統べる者カットイン準備:
Switch サポート[紫雲統夜]
Case "カティア＝グリニャール"
Switch Random(2)
Case 1
Call 戦闘アニメ_フェイスアップ準備 紫雲統夜(攻撃) Args(2) Args(3) Args(4)
Case 2
Call 戦闘アニメ_フェイスアップ準備 カティア＝グリニャール Args(2) Args(3) Args(4)
EndSw
Case "フェステニア＝ミューズ"
Switch Random(2)
Case 1
Call 戦闘アニメ_フェイスアップ準備 紫雲統夜(攻撃) Args(2) Args(3) Args(4)
Case 2
Call 戦闘アニメ_フェイスアップ準備 フェステニア＝ミューズ Args(2) Args(3) Args(4)
EndSw
Case "メルア＝メルナ＝メイア"
Switch Random(2)
Case 1
Call 戦闘アニメ_フェイスアップ準備 紫雲統夜(攻撃) Args(2) Args(3) Args(4)
Case 2
Call 戦闘アニメ_フェイスアップ準備 メルア＝メルナ＝メイア Args(2) Args(3) Args(4)
EndSw
EndSw
Return

戦闘アニメ_カルビカットイン準備:
Switch サポート[カルヴィナ＝クーランジュ]
Case "カティア＝グリニャール"
Switch Random(2)
Case 1
Call 戦闘アニメ_フェイスアップ準備 カルヴィナ＝クーランジュ(攻撃) Args(2) Args(3) Args(4)
Case 2
Call 戦闘アニメ_フェイスアップ準備 カティア＝グリニャール Args(2) Args(3) Args(4)
EndSw
Case "フェステニア＝ミューズ"
Switch Random(2)
Case 1
Call 戦闘アニメ_フェイスアップ準備 カルヴィナ＝クーランジュ(攻撃) Args(2) Args(3) Args(4)
Case 2
Call 戦闘アニメ_フェイスアップ準備 フェステニア＝ミューズ Args(2) Args(3) Args(4)
EndSw
Case "メルア＝メルナ＝メイア"
Switch Random(2)
Case 1
Call 戦闘アニメ_フェイスアップ準備 カルヴィナ＝クーランジュ(攻撃) Args(2) Args(3) Args(4)
Case 2
Call 戦闘アニメ_フェイスアップ準備 メルア＝メルナ＝メイア Args(2) Args(3) Args(4)
EndSw
EndSw
Return

及び、戦闘開始直前（スタートイベント終了後）にサポート設定をイベントラベルを追加。
設定ラベル内に回数を別変数で入れると、あっという間に乗り換え回数保存。
ついでにエンディングにも影響を与えさせる事も可能と思ったけど、それは辞める。
カットイン準備を呼び出しているインクルはスパロボＢＢＳ様のインクルに追加。
及び、三人娘の表情は丸投げ更新次第変更するだろう。
後は後継機の際も表情変わっているから、そこはまた判定させるか。